Inleiding tot de R-statistiek

統計学全般に関する備忘メモの書庫(三中信宏)

「形態測定学ソフトウェア」

昨日の講義でデモしたソフトウェアの情報です.Rのパッケージとして公開されている〈shapes〉は,幾何学的形態測定学の分析を実行するためのソフトウェアです:

Ian L. Dryden 2007

The shapes package : statistical shape analysis in R

http://www.maths.nott.ac.uk/personal/ild/shapes/

Version 1.1-1 is now available: 10th December 2007

〈shapes〉は,Rと同じく,もちろんフリーですので,ダウンロードは自由です.

もうひとつのソフトウェア群は,形態測定学のポータルサイトとして有名な:

Morphometrics at SUNY Stony Brook

http://life.bio.sunysb.edu/morph/

で公開されているフリーのソフトウェア群で,薄板スプライン関数を用いたさまざまな分析ができます.これらは上記ポータルサイトの中の「Software」からダウンロードできます

私が講義中にデモしたものは下記のとおりです:

  • 〈tpsDig〉:画像ファイルから標識点を抽出する.
  • 〈tpsSplin〉:薄板スプライン関数を用いて,2形態間の仮想変形を補間し,アフィン/非アフィン変形と部分歪み(partial warps)への直交分割を計算し,図示する.
  • 〈tpsRelw〉:形態集団の中の変異パターンを主成分分析し,形状の変動をもっともよく説明する軸すなわち相対歪み(relative warps:標識点座標の線形結合)を計算する.

関心のある方は,私が書いた下記のドキュメントをごらんください:

三中信宏(2006)

R の形態測定学パッケージ〈shapes〉:「いろは」の「い」

http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/R/R-shapes.html

講義内容に関係する文献リストは,数年前にまとめたことがあります:

三中信宏(2004)

形態測定学に関する教科書および参考書リスト

http://cse.niaes.affrc.go.jp/minaka/files/MorphometricsBooks.html

内容的にやや古くなってしまいましたが,まだ賞味期限内でしょう.ご参考まで.