今回の講義では，ときどき系統樹を推定するソフトウェアを用いたデモをしました．前回の講義では，ブーツストラップによる系統樹の信頼性評価の例示として：
Tree analysis using New Technology (The Willi Hennig Society Edition, Version 1.1, December 2007)
を用いました．「TNT」は最節約法による系統推定のためのフリー・ソフトウェアです．
現在，数多くの系統推定ソフトウェアが公開利用されていて，その一覧は下記サイトに載っています：
Phylogeny Programs (PHYLIP Website)
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html
上記のサイトを見ると，さまざまな系統推定法が種々の統計手法を組み込んでいることがわかるでしょう．
