Inleiding tot de R-statistiek

統計学全般に関する備忘メモの書庫(三中信宏)

「Rの脆弱性と普及度について」

先日,某県の農業試験場から「R」を “公的” に導入する際の問題点について問い合わせがあった.試験場のコンピューターに R をインストールしようとしたら,システム管理者からの以下の質問があったそうだ: Rのソフトウェアとしての「脆弱性」に問題はない…

〈確率分布いろいろ〉

→ http://statdist.ksmzn.com/ 「いろいろな確率分布のパラメータをいじくるアプリ」とのこと.確率密度関数のパラメーターを動かして,確率分布の形がどのように変わるかを interactive に体験できる.連続型17種と離散型6種の確率分布が取り上げられていて…

「実験データー解析概論質問集(2015年7月7日)」

#NodaiStat ここのところ質問へのレスポンスがおろそかになっていてたいへん申しわけありません.先日の「実験データー解析概論」補講でひとつ答えるべき質問がありました. posted at 15:55:33 #NodaiStat 【質問】「新しいモデル選択理論と昔からの実験計…

「統計学の昔と今(#AICxTest)」

ある記事をめぐるツイートを下記に束ねた: [欹耳袋]蛍光ペンの交差点[別館]「p値とAIC(赤池情報量基準)の関係について」(2015年6月30日) ow.ly/P43Ph ※以前,駒場の「生物統計学」を受講していた学生から読んでほしいと連絡があった記事. #AICxTest po…

「生物統計学質問集(2015年6月12日)」

#NodaiStat 【質問】「処理効果はデータから数字として計算できますが,交互作用効果は数字になりますか?」/【回答】なります.処理平方和から各要因の主効果をすべて引き算したあとに残る平方和部分が交互作用の平方和ということになります. posted at 1…

「実験データー解析概論質問集(2015年6月12日)」

#NodaiStat 【質問】「確率分布の密度関数f(x)についてもっと詳しく知りたい」/【回答】連続変量の場合,確率密度関数の縦軸の値は変量xのもつ確率密度(非負)を表していて,変数の全域で積分すると∫f(x)=1となります. posted at 10:37:07 #NodaiStat 【…

「生物統計学質問集(2015年6月5日)」

#NodaiStat 続いて,昨日の「生物統計学」の質問へ. posted at 12:09:38 #NodaiStat 【感想】「正規分布の女神さまはビックリしました」/【回答】正規分布は「神様」なので粗相があってはなりませぬ. posted at 12:14:18 #NodaiStat 【質問】「実験計画の…

「実験データー解析概論質問集(2015年6月5日)」

#NodaiStat 昨日の「実験データー解析概論」の質問から. posted at 11:55:38 #NodaiStat 【質問】「今日は習得度がすごく悪くて.変量と確率変数って同義ですか?」/【回答】変量(variate)=確率変数(random variable)なので完全一致. posted at 11:5…

「生物統計学質問集(2015年5月29日)」

#NodaiStat 先週は分散分析のF検定あたりのリクツの話をしたので,質問もそこんところに集中しているような. posted at 15:13:56 #NodaiStat 【質問】「F値と帰無仮説のあたりが雲をつかむようで……」(同様の質問複数)/【回答】F値はデータのばらつきに関…

「実験データー解析概論質問集(2015年5月29日)」

#NodaiStat 忘れないうちに,先週の「実験データー解析概論」の質問へのお答えから. posted at 15:10:57 #NodaiStat ……と思って,いつもより少ない出席カードを集計していたら,避難訓練から “避難” した受講生が多かったせいか,答えるべき質問がぜんぜん…

「箱ひげ図百珍」

一人抄読会「ボックスプロット(箱ひげ図)作成のためのオープンソースアプリケーション:BoxPlotR」(2014年2月23日)※元論文: Michaela Spitzer, Jan Wildenhain, Juri Rappsilber and Mike Tyers 2014. BoxPlotR: a web tool for generation of box plots.…

「生物統計学質問集(2015年5月22日)」

#NodaiStat 【質問】「全偏差を処理要因と誤差要因に分割するところがイミフです」[同様の質問多数]/【回答】実験計画法の基礎は,データがばらつく原因を線形統計モデルにしたがって “腑分け” するという考え方です.今週はデータのばらつき・偏差・平方…

「実験データー解析概論質問集(2015年5月22日)」

#NodaiStat 【質問】「自由度がわからない……」/【回答】前回は解説の途中で終ってしまったので,今週,その残りとRでの演習が続きます.どうせ地震避難訓練で後半が潰れてしまうので,「自由度」とその意味について徹底的に理解する「自由度自由自在」のワ…

「生物統計学質問集(2015年5月15日)」

#NodaiStat 最後は5月15日「生物統計学」の質問から. posted at 13:58:57 #NodaiStat 確率分布と密度関数の式がわらわら登場したとたん “息絶えた” 学生さんがとても多かったようですまんすまん.あとでお線香を立てておきますね. posted at 14:07:15 #Nod…

「実験データー解析概論質問集(2015年5月15日)」

#NodaiStat さらに続いて昨日5月15日「実験データー解析概論」の質問から. posted at 13:52:21 #NodaiStat 【質問】「箱ひげ図は実際に論文などで用いられているのでしょうか?」/【回答】ワタクシが見るかぎりとても頻繁に用いられていますね.ヒストグラ…

「生物統計学質問集(2015年5月8日)」

#NodaiStat 続いて5月8日「生物統計学」の質問から. posted at 13:23:56 #NodaiStat 【質問】「偏差を絶対値で集計してはならない理由を詳しく」/【回答】講義では絶対値関数は場合分けが必要なのでめんどうという説明をしましたが,偏差の絶対値和の基準…

「実験データー解析概論質問集(2015年5月8日)」

#NodaiStat 5月8日「実験データー解析概論」の質問から. posted at 13:01:35 #NodaiStat 【質問】「 “不幸” にならないためには,どうすればいいですか?」/【回答】予期できない唯一的な “不幸” は耐え忍ぶしかありませんが,ワタクシたちがPC実習室で遭…

「目で見る中心極限定理」

statistics - 【統計学】中心極限定理のイメージをグラフで掴む http://qiita.com/kenmatsu4/items/351284ef430bcfd2c8ed 可視化で理解する中心極限定理 http://qiita.com/hoxo_m/items/746d9f62825d410a5982 RPubs | Central Limit Theorem on R http://www…

「生物統計学質問集(2015年4月24日)」

#NodaiStat 続いて,前回の「生物統計学」の質問への回答.みなさんは高校ですでにジョン・テューキーの「箱ひげ図」を教わってきたわけね.とても質問が多かったのにビックリ. posted at 05:41:53 #NodaiStat 【質問】「メディアンは外れ値も含めて真ん中…

「実験データー解析概論質問集(2015年4月24日)」

#NodaiStat 先週の「実験データー解析概論」はとても “不幸せ” で,たいへん申し訳ありませんでした……. posted at 05:13:03 #NodaiStat 【感想】「R入れるのたいへんでした」「途中から何やってるのかわからなくて難しかった」「授業目的を見失いそうです………

「Beyond Bar and Line Graphs: Time for a New Data Presentation Paradigm」

Tracey L. Weissgerber, Natasa M. Milic, Stacey J. Winham Vesna D. Garovic PLOS Biology | 22 April 2015 | DOI: 10.1371/journal.pbio.1002128 http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002128 この論文の「記述統計量…

『The R Book』

Michael J. Crawley (2007年6月刊行,John Wiley & Sons,Chichester, viii+942 pp.,US$ 110.00, ISBN:9780470510247 [hbk] → 版元ページ|コンパニオンサイト) archive.org [pdf: open access] から一冊まるごとダウンロードできる!

「実験データー解析概論質問集(2015年4月10日)」

#NodaiStat 【質問】「自分のパソコンを持ってきたほうがいいですか?」/【回答】とりあえず,実習室の Win PC がちゃんと動くみたいで安心しましたが,自宅や研究室で使いたいということであれば,自分のPCを持参してもOKです. posted at 16:46:17 #Nodai…

「生物統計学質問集(2015年4月10日)」

#NodaiStat 【質問】「計算統計学が普及した現在,パラメトリック統計学の存在意義は?」/【回答】いきなり核心な質問ですが,数理統計学の数学的な理論体系はやはり強いですね.ただし,昔は「それ」しかなかったわけですが,いまでは他の選択肢もあるとい…

「Programming tools: Adventures with R」

Nature | 29 December 2014. http://www.nature.com/news/programming-tools-adventures-with-r-1.16609

「生物統計学質問集(2015年1月28日)」

#TodaiStat 1月28日(水)の補講での質問と回答.この日は形態測定学の噺でした. posted at 14:38:47 #TodaiStat 【質問】「形態測定学の講義を開講した方がよいのでは?」/【回答】大学院の集中講義としてはこれまで何度か開講しているのですが,学部生相…

「Graphs in Statistical Analysis」

F. J. Anscombe The American Statistician, 27(1): 17-21, 1973. pdf データを見ないで計算することがいかに愚かしいかが痛いほどわかる古典的な事例.Wikipedia には数値データが乗っている.また,GeoGebra のアプレットでも体験できる.統計学の教材とし…

「生物統計学質問集(2015年1月15日)」

#TodaiStat 一週さかのぼって1月15日の講義での質問と回答. posted at 15:13:57 #TodaiStat この日は十八番の「系統・分類」の噺だった. posted at 15:15:20 #TodaiStat 【質問】「系統や分類で系譜化・集団化するのはいいが,それ自体に普遍化された意味…

「生物統計学質問集(2015年1月8日)」

#TodaiStat さらに一週さかのぼって1月8日の質問と回答.この日はベイズ統計学でした. posted at 15:35:54 #TodaiStat 【質問】「ベイズについてとてもよくわかりました」vs.「ぜんぜんわかんなかった(泣)」/【回答】それがベイズです(キリッ). poste…

『An Introduction to Statistical Learning with Applications in R』

Gareth James, Daniela Witten, Trevor Hastie and Robert Tibshirani (2013年刊行,Springer-Verlag, Berlin, xiv+426 pp., ISBN:9781461471387 → 版元ページ|コンパニオンサイト|pdf [open access])